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    我会副理事长赵涵团队揭示基因选择性剪接在玉米氮代谢中的调控作用
    发布时间:2020/5/29 16:46:37  浏览次数:

    我会副理事长赵涵团队揭示基因选择性剪接

    在玉米氮代谢中的调控作用

    氮是保证作物高产的重要营养元素,氮含量的变化通过数千个基因的差异表达影响玉米根系的生长和结构。基因选择性剪接(AS)是真核生物的重要调控机制,它不仅提高了基因的转录丰度,还增加了转录体对环境变化的适应能力。

    最近,我会副理事长赵涵研究员团队采用短读长测序(RNA-seq)和长读长测序(PacBio SMRT)相结合的方法,对硝酸盐处理的玉米自交系B73进行了高分辨率转录谱分析。结果表明,氮处理引起的差异表达基因主要与氮代谢和信号转导有关。研究人员利用RNA测序将长读长数据的置信度提高了2.5倍,借助这个工作流程,数千个编码已知功能区的新剪接方式被鉴定出来。此外,研究者从氮处理的样品根系中鉴定出1000多个基因选择性剪接的事件,其中大多数没有发现基因表达差异,这些基因主要与免疫、分子修饰和转运有关。值得一提的是,研究人员还鉴定了一个转录因子ZmNLP6,它与拟南芥氮代谢调节因子AtNLP7同源。在氮处理后,ZmNLP6产生了多种剪接方式,其中一个剪接异构体能强烈地激活下游基因的表达。

    这项研究表明转录因子ZmNLP6参与了玉米氮代谢和根系结构的调控,基因选择性剪接在其中起了重要作用,这些发现有助于进一步揭示玉米氮代谢的分子机制。

    BMC Genomics, 11 May 2020

    High-resolution profile of transcriptomes reveals a role of alternative splicing for modulating response to nitrogen in maize

    Author

    Yuancong Wang, Jinyan Xu, Min Ge, Lihua Ning, Mengmei Hu & Han Zhao*

    *: Institute of Crop Germplasm and Biotechnology, Provincial Key Laboratory of Agrobiology, Jiangsu Academy of Agricultural Sciences, China

                                                                 学会秘书处








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